Diretor Geral: Prof. Dr. Valdeir Fagundes de Queiroz
Vice-Diretor Geral: Profª. Drª. Haydée Maria Moreira
- Assessoria de Arquitetura
- Assessoria de Imprenssa
- Assessoria Jurídica
- Núcleo de Avaliação
- Núcleo de Educação Pernamente
- Núcleo de Epidemiologia Clínica
- Núcleo de Medicina Baseada em Evidências
- Núcleo Técnico de Informações – NTI
Chefia de Gabinete
Chefe de Gabinete: Profª. Drª. Ieda Francischetti
Diretoria Administrativa
Diretor Administrativo da Famema: Prof. Dr. Luis Carlos de Paula e Silva
- Comunicações (PABX)
- Divisão de Finanças (Contabilidade Geral e Finanças)
- Divisão de Materiais (Seção de Compras, Serviço de Almoxarifado, Setores de Recebimento, Gráfica e Patrimônio)
- Divisão de Recursos Humanos (Controle de pessoal, Recrutamento e seleção, Avaliação de desempenho e Serviço social do trabalho, SESMT e CCI)
- Expediente
- Manuteção (Engenharia Clínica, Elétrico-Eletrônica e Predial)
- Transporte
- Vigilância e Jardinagem
- Zeladoria e Portaria
Diretoria de Graduação
Diretor: Prof. Dr. Carlos Alberto Lazarini
- Avaliação
- Biblioteca
- Capacitação Docente
- Curso de Enfermagem
- Curso de Medicina
- Laboratórios de Aprendizagem
- Laboratório de Informática
- Laboratório de Habilidades Profissionais
- Laboratório de Morfo-funcional
- Secretaria Geral
Diretoria de Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão
Diretor: Prof. Dr. Osni Lázaro Pinheiro
Diretoria Hospitalar / Hemocentro
Diretor Clínico dos Hospitais: Prof. João Alberto Salvi
- Diretor do HC I: Prof. Dr. Paulo Henrique Waib
- Diretor do HC II: Dra. Carla Bicudo Ramos
- Coordenação do Ambulatório de Especialidades: Dra. Vanessa Ramos Pires Dinarte
- Responsável pela Unidade Oftalmológica: Prof. Dr. José Augusto Alves Ottaiano
- Diretor do Hemocentro: Dra. Doralice Marvulle Tan
Diretoria da Fundação Municipal de Ensino Superior de Marília
- Presidente: Prof. José Carlos Nardi
- Vice-Presidente: Prof. Dr. José Raphael de Moura Campos Montoro
- Tesoureiro: Sr. Claudionor Moura
- Secretário: Prof. Dr. José Augusto Sgarbi
FAMAR
- Presidente: Prof. Dr. Igor Ribeiro de Castro Bienert
- Diretor Administrativo: Sr. Winston Wiira
- Diretor Tesoureiro: Dra. Rita de Cássia de Almeida Rocha
HCFamema
- Superintendente: Dra. Paloma Aparecida Libanio Nunes